Akcja Edenu osadzona jest w niedalekiej przyszłości (przełom XXI i XXII wieku), w świecie spustoszonym przez enigmatyczny wirus (Closure Virus). Epidemia, która zmniejszyła populację Ziemi o co najmniej 15%, zmieniła polityczną i ekonomiczną mapę świata.
Historia opowiadana przez Hirokiego Endo rozciąga się na mnóstwo lat i obraca się wokół postaci dorastającego chłopca Eliaha Ballarda. W tle rozgrywa się walka o światową dominację, zaakcentowana ciągłą groźbą następnego ataku śmiertelnego wirusa.
Większość wydarzeń rozgrywa się w Ameryce Południowej.
