Shinji, który wezwany przez swojego ojca przybywa do 'Nervu' - organizacji specjalnej przy ONZ, zostaje na życzenie ojca pilotem Evangeliona. W walkach z przybywającymi jeden po drugim Aniołami o niewiadomym pochodzeniu chłopiec poznaje co oznaczają prawdziwy strach i napięcie, lecz w tym samym czasie jego do tej pory zamknięte do w środku serce zaczyna otwierać się do innych...Niestety, w jego ręce trafia dziennik opiekunki Shinjiego, Misato i znów nasz bohater zamyka się we własnej skorupie.
Skarcony po zignorowaniu rozkazu ze względu na własne uczucie, Shinji opuszcza Nerv, lecz sprowokowany szczerością Misato, wraca do Nervu i zostaje pilotem Evy - tym razem z własnej woli.
