Autorem książki Czarna skrzynka Darwina. Biochemiczne wyzwanie dla ewolucjonizmu jest Michael J. Behe, amerykański biochemik.
Pierwsze, anglojęzyczne wydanie ukazało się w 1996 roku nakładem wydawnictwa Free Press.
Już we wstępie autor akcentuje, iż literatura naukowa mieści sporo opisów tego, jak coś funkcjonuje (np. Układ Słoneczny). Amerykańskiego uczonego interesuje jednak pochodzenia tego, co już istnieje. Behe kieruje swoją uwagę na świat przyrody ożywionej w mikroskali i zastanawia się, czy życie na poziomie molekularnym, czyli – jak pisze – „fundament życia", może zostać wyjaśnione na podstawie losowych mutacji i doboru naturalnego.
Autor prezentowanej publikacji argumentuje, że niektóre układy biologiczne – zwane przez niego mechanizmami molekularnymi – posiadają pewną cechę, która nie może zostać wyjaśniona naturalistycznie. Behe ma na myśli nieredukowalną złożoność. Zgodnie z tym ujęciem, układ niedrukowalnie złożony składa się z wielu wzajemnie dopasowanych części, które pełnią określoną funkcję. Usunięcie chociażby jednego elementu sprawia, że układ przestaje być praktyczny. Uczony twierdzi, iż układy tego typu nie mogły powstać na gruncie darwinowskiej ewolucji kumulatywnej postępującej małymi krokami, ale są świadectwem inteligentnego projektu. Amerykański biochemik omawia w tym kontekście pomiędzy innymi przykład wici bakteryjnej, która składa się z około 50 przeróżnych typów białek i służy bakteriom jako swego typu silnik obrotowy. Nie mogła ona, jak argumentuje Behe, powstać drogą stopniowych przekształceń, ponieważ na wcześniejszych etapach nie pełniłaby swojej funkcji. By zobrazować swój pogląd, uczony posłużył się przykładem struktury nieredukowalnie złożonej użytkowanej w życiu powszednim. Mianowicie standardowa pułapka na myszy musi od razu posiadać wszystkie komponenty w odpowiednim ułożeniu, ponieważ w innym przypadku nie pełniłaby określonej funkcji polegającej na łapaniu myszy.
Warto zaznaczyć, iż Behe jest ewolucjonistą, ale niedarwinowskim. Akceptuje on pogląd o wspólnocie pochodzenia, lecz odrzuca twierdzenie o przypadkowych mutacjach mogących doprowadzić do powstania złożonych struktur biologicznych. Książka Czarna skrzynka Darwina posiada pozytywną argumentację na rzecz teorii inteligentnego projektu.