Cora jest niewolnicą w trzecim pokoleniu na plantacji bawełny w stanie Georgia. Jej życie nie jest nieskomplikowane, a będzie jeszcze gorzej, bo lada moment z dziecka stanie się kobietą. Kiedy Ceasar, najnowszy nabytek z Wirginii, opowiada jej o podziemnej kolei, oboje decydują się zaryzykować ucieczkę. Po piętach depcze im pościg, a schwytanie oznacza los gorszy od śmierci.
Tytułowa kolej podziemna to określenie wyprodukowanej przez abolicjonistów sieci przerzutowej zbiegłych czarnych niewolników z południowych stanów Ameryki głównie na północ do Kanady i do Meksyku. Na ten trudny system ucieczkowy składały się drogi, tunele, szlaki, bezpieczne kryjówki, przewodnicy, organizacje i społeczności. Nazewnictwo kolejowe formujeło tajny kod, jakim posługiwali się uciekinierzy i abolicjoniści. Do sekretnego języka dochodził też system tajnych znaków graficznych.
Whitehead odsłania przed czytelnikami tajniki systemu przerzutowo ratunkowego dla zbiegłych niewolników, odtwarzając precyzyjnie misterną konstrukcję systemu i przerzutowe szlaki. Szczególnie wiarygodnie oddaje również opresję niewolniczego życia, powszedni znój, strach, pragnienie wydostania się na wolność.