Podobnie jak w „Sklepach cynamonowych", głównym bohaterem i równocześnie narratorem „Sanatorium pod klepsydrą" jest Józef, noszący wyraźne podobieństwo do samego autora. Centrum świata Józefa, dojrzewającego nastoletniego chłopca, stanowi drobne prowincjonalne miasteczko, w którym można dostrzec współczesny Schulzowi, galicyjski Drohobycz.
Rzeczywistość opowiadań swobodnie miesza się z fantastyką. Przedmioty nabierają cechy istot żywych, zwierzęta uzyskują atrybuty ludzkie, banalne czynności podnoszone są do rangi mitu. Mit ten ma na celu zachowanie, utrwalenie odchodzącego świata dającego bohaterowi oparcie i bezpieczeństwo. Opoką trwałości jest z jednej strony dom rodzinny i prowadzony przez schorowanego ojca sklep, z drugiej chyląca się ku upadkowi C.K. Monarchia. Młodego Józefa niezwykle fascynuje Ojciec, postać wieloznaczna, funkcjonująca na pograniczu świata żywych i umarłych.
